關于微生物
噬菌體
噬菌體是地球上種類最豐富的生命形式之一，能夠識別并侵染特定的宿主細菌。噬菌體已與細菌共同進化了超過十億年，并且能夠在包括土壤、動物糞便和腸道在內的最為極端環境下生存。研究表明，相較于抗體，噬菌體在微生物學檢驗中擁有諸多優勢，例如更強的特異性和結合能力?，F已證實噬菌體蛋白在多種不同應用中均表現出不錯的穩定性，即使是在要求最為嚴苛的復合食品基質中也同樣適用。
彎曲菌 (Campylobacter)
自從許多國家建立監測系統以來，監測數據顯示由彎曲菌屬 — 尤其是空腸彎曲菌 (Campylobacter jejuni)（耐熱菌）— 引起的腸道感染人數迅速增加。已有充分的記錄表明，這類感染可引發相關的并發癥 — 菌血癥、繼發性感染及格林-巴利綜合征（神經系統并發癥）等，并且可能特別嚴重。因此，彎曲菌成為了繼沙門菌和李斯特菌 (Listeria) 之后的第三大食源性感染致死原因。彎曲菌主要存在于恒溫動物體內，尤其是禽類體內。人類通常通過食用未完全煮熟的受污染食品（禽肉、羊肉、豬肉），或者由于接觸到食品制造工廠和動物飼養機構（主要是禽類養殖場）中受污染的水和環境而受到感染。盡管此類案例中彎曲菌頻繁出現且含菌量均比較高，但由于大多數國家缺乏相關法規，并且分析方法復雜，彎曲菌的常規篩查至今為止依然困難重重。
難辨梭菌 (Clostridium difficile)
由于一種源自北美的難辨梭菌進化出了新的毒性，這一細菌在過去 10 年間發病率和危害性有了明顯的上升。在美國，難辨梭菌現每年導致約 250,000 人入院治療和至少 14,000 人死亡。這種能夠大量產生毒素 A 和毒素 B 的新型菌株對現有的喹諾酮類抗生素耐藥性更強，并且已經傳入歐洲國家。
腸桿菌科 (Enterobacteriaceae)
腸桿菌數是最新的歐洲食品微生物標準法規 (EC 2073/2005) 中的一項重要衛生指標。腸桿菌科包括很多可導致食品腐敗的主要細菌和某些腸道病原菌，例如沙門菌屬 (Salmonella spp.)、志賀菌屬 (Shigella spp.)...隨著人們對食品生產、HACCP 計劃以及風險評估過程的整體質量日益關注，總活菌數、大腸菌群、大腸埃希菌 (Escherichia coli) 數和腸桿菌數等質量指標在食品衛生及食品商品質量監測方面的作用也越來越重要。
大腸埃希菌 O157 (E. coli O157)
目前業內已有共識，通過攝入受污染的肉類和奶類導致的大腸埃希菌 O157:H7 (E.coli O157:H7) 感染具有嚴重的危害性。但標準的食品衛生措施和儲存防范措施卻通常不足以控制該微生物?，F在，對該病原體的篩查工作比以往任何時候都更加重要。
克洛諾菌屬阪崎腸桿菌 (Enterobacter sakazakii (Cronobacter))
一種與嬰兒配方奶粉 (PIF) 相關的新病原體。各種食品以及環境資源（如水源和土壤）中均已分離出該微生物 (Fanning & Forsythe, 2007)。包括奶粉、巧克力、谷制品、香料和意大利面在內的食物中均有檢出。阪崎腸桿菌偶爾也會污染脫水食物。此類細菌會導致新生兒出現罕見且致命的新生兒腦膜炎（致死率 10-55%）、菌血癥、壞死性小腸結腸炎 (NEC)（致死率 40-80%）和壞死性腦膜腦炎 (Bowen & Braden, 2006)。阪崎腸桿菌屬于腸桿菌科，是 Farmer 等人于 1980 年命名的新品種。最近，阪崎腸桿菌的分類學已有定論，并對阪崎腸桿菌進行了再分類，將 6 種菌種歸入新屬克洛諾菌屬 (Cronobacter)（已提交 IJSEM* 發表）。* 國際系統與進化微生物學雜志
軍團菌 (Legionella) 
軍團菌是一種致病性細菌，是軍團?。ㄓ置宋檐娙瞬。┑牟∫?。該疾病是一種嚴重的肺炎，如果不及時診斷并治療，可能導致患者死亡。人通過吸入來自冷卻塔、溫泉和淋浴等環境中的受污染空氣感染軍團菌。風險人群通常為伴有風險因素（例如免疫缺陷、吸煙、酗酒或糖尿?。┑某赡昴行?。2005 年，法國報道了超過 1500 例軍團病，而整個歐洲共有約 5700 例。根據 CDC（疾病預防控制中心）的報道，美國每年約有 8000 到 18000 例軍團病。
李斯特菌 (Listeria)
李斯特菌屬是一類分布廣泛的細菌，但其中只有一個種類具有致病性。研究人員已經從多種食品（包括奶制品、肉類、蔬菜和海產品）和環境樣品（尤其是食品加工廠環境樣品）中分離出了李斯特菌。單核細胞增生李斯特菌 (Listeria monocytogenes) 是其中唯一一種人類致病菌。人李斯特菌病可能會引起腦膜炎、敗血癥、腦炎和流產等病癥。高風險人群包括孕婦、新生兒、免疫功能低下的患者和老年人。單核細胞增生李斯特菌廣泛分布于環境中，并且是生鮮食品、部分加工食品甚至是發酵食品消費過程中的安全隱患。
耐甲氧西林金黃色葡萄球菌 (MRSA)
近十年 MRSA 在歐洲和美國的發病率不斷增加。在美國，目前全部金黃色葡萄球菌感染病例中 MRSA 感染占 50% 以上，而在某些亞洲國家這一數字接近 90%。MRSA 現已對許多抗生素具有耐藥性，其中包括甲氧西林以及其他更加常見的抗生素，如苯唑西林、青霉素和阿莫西林。目前在有些國家，重癥監護病房中 60% 以上的金黃色葡萄球菌感染病例均對一線抗生素具有耐藥性。
鳥分枝桿菌屬副結核亞種 (Mycobacterium avium ssp.paratuberculosis, MAP) 
副結核病鳥分枝桿菌屬副結核亞種是副結核病的病原體，可感染牛、綿羊、山羊以及其他非反芻類動物。許多國家都制定了針對這一主要消化系統疾病的控制計劃，但收效不盡相同。糞便樣品的異質性、靶標病原體流出率低和 PCR 抑制效應都是阻礙我們對感染副結核病的動物進行直接而可信的檢測的主要問題。
沙門菌 (Salmonella)
沙門菌是全世界食物中毒的主要誘因之一。沙門菌感染的癥狀通常為：發燒、腹瀉和腹部絞痛。沙門菌常見于人類和其他動物（包括鳥類）的腸道。人類通常由于食用受動物糞便污染的食物而受到感染。
志賀菌 (Shigella)
志賀菌 通常存在于被人類糞便污染的水中并可導致食源性疾病。志賀菌?。毦粤〖玻┑陌Y狀包括腹痛、腹部絞痛、腹瀉、發燒、嘔吐以及糞便帶血、膿或粘液。
葡萄球菌腸毒素
葡萄球菌腸毒素屬于最為常見的食物中毒誘因。目前已知的有七種血清型。盡管有報道稱新種中間葡萄球菌 (S. intermedius) 和豬葡萄球菌 (S. hyicus) 可產腸毒素，但上述毒素蛋白主要由金黃色葡萄球菌產生。雖然高溫處理可殺滅金黃色葡萄球菌，但毒素蛋白具有熱穩定性，在高溫下仍有活性。
金黃色葡萄球菌 (Staphylococcus aureus)
金黃色葡萄球菌是食物中毒最為常見的誘因，通常發病突然/猛烈，癥狀包括強烈的惡心、腹部絞痛、嘔吐和腹瀉等，癥狀持續 1-2 天。這種機會性致病菌存在于人體內（皮膚、感染傷口、鼻和咽喉），還可能存在于多種食品中，包括肉和肉制品、禽肉和蛋制品、沙拉、焙烤食品、牛奶和奶制品。
耐萬古霉素腸球菌 (VRE)
在某些國家或地區（尤其是美國）,腸球菌 (Enteroccocci) 已對腸球菌感染的常用抗生素萬古霉素產生了耐藥性。美國疾病控制中心 2004 年接到的數據表明，約三分之一的重癥監護病房感染由 VRE 引發。
小腸結腸耶爾森菌 (Yersinia enterocolitica)
小腸結腸耶爾森菌是腹瀉與腹痛相對罕見的誘因。最常見的感染途徑是食用受污染的食物，尤其是生肉或未熟的豬肉制品，以及冰淇淋和奶類。常見癥狀為發燒、腹痛和腹瀉，并且通常為出血性腹瀉。
